Beti egon izan dira bilduma geologikoak, XVIII. mendetik aurrera. Gogoan izan behar dugu Bergarako Errege Mintegiak izan zuela kabinete mineralogiko aberatsa, mineralogia eta metalurgia arloan egindako ikerketa aitzindari haietarako. Ramon Mª de Munibe eta Fausto Elhuyarrek hartu zuten parte, beste bat zuen artean, kabinete hori antola-tzen eta aberasten. Bilduma mineralogikoak XIX. mende osoan zehar iraun zuen eta gainera material berriekin aberastu zen, esaterako, goi-mailako ingeniari, geologo eta Espainiako Mapa Geologikoaren Batzordeko presidente izan zen Felipe Bauza jaunak, lehenago mintegi-kide izandakoak, bere jabetzako mineral ugari eman zionean Institutuari (1872).

Baina gaur egun arte 369 fosil eta 1181 mineral baino ez dira iritsi. Pieza kopuru nahiko ugaria dagoen arren eta erakundearen historia akademikoan pieza horien garrantzia dokumentatuta dagoen arren, egin berri dugun ikerketa historiko-zientifikoarekin ezin izan ditugu datazioak egin eta antzinako material-taldeak ere ezin izan ditugu behar den bezala identifikatu.